La prima statua della navata sinistra raffigura San Vittore Angelica. Si tratta di un rifacimento post-bellico realizzato da S. Cozzo.

Adiacente alla statua, si trova la Cappella Battistero, cui si accede attraverso un portale riccamente decorato con girali vegetali e putti, analogo a quello lato sud, eseguito anch’esso da Rinaldo Bonanno, su disegno di Polidoro Caldara da Caravaggio. Al centro della cappella si trova il fonte battesimale, rifacimento dell’antico, risalente al XIV secolo, situato un tempo all’interno della chiesa. Sulla parete di sfondo un crocifisso ligneo settecentesco.

Lungo la navata si trovano sei delle dodici cappelle degli Apostoli. Il progetto di realizzazione delle Cappelle dell’Apostolato, fu elaborato da Giovan Angelo Montorsoli su incarico del Senato Messinese nel 1550.

Montorsoli elaborò solo il progetto e riuscì a scolpire solo la prima statua, San Pietro, ma la sua opera fu continuata da altri artisti nei secoli successivi e completata nel XVIII secolo.

L’Apostolato, danneggiato nel terremoto del 1908, fu restaurato e in seguito distrutto dall’incendio del 1943; l’attuale è un rifacimento post-bellico. Nell’ordine si incontrano le seguenti statue: San Simone, opera di E. Martini; San Bartolomeo, opera di E. Assenza; San Filippo, opera di M. Mazzacurati; San Giovanni, opera di G. Ciocchetti; Sant’andrea, opera di R. Aissanti; San Pietro, opera di A. Bonfiglio.

Sul muro a destra della cappella di San Pietro è stata di recente collocata una lapide, proveniente dall’altare della cappella di San Pietro, che indica l’anno di realizzazione della Cappella, 1555, e il committente Pietro De Benedetto.

Attraverso un portone in legno si accede all’Atrio nord della chiesa. Il portale marmoreo, in stile gotico è riccamente scolpito. Nella lunetta, una statua raffigura la Madonna col Bambino. Sec. XV.

Dall’atrio, attraverso un portale cinquecentesco nella cui lunetta è raffigurato San Placido, si accede alla Sacrestia e alla Cappella dei Canonici.

La Sagrestia è una pregevole opera, in legno intagliato e intarsiato, del Cappuccino fra’ Gregorio e di maestranze locali su disegno di Adolfo Romano.

Ritornando nella navata della cattedrale si può ammirare un bellissimo bassorilievo raffigurante San Girolamo Penitente, probabilmente realizzato da Domenico Gagini nel sec. XV. Il santo è raffigurato all‘interno di una grotta, seminudo, inginocchiato davanti al Crocifisso. Tra le mani regge una pietra con cui sta per battersi il petto.

Adiacente al bassorilievo si trova la Cappella del Cristo Risorto, eretta nel 1592 dalla famiglia Spatafora; fu rifatta dopo la seconda guerra mondiale, riproducendo le decorazioni di gusto rinascimentale con arabeschi e festoni.

Proseguendo lungo la navata si incontrano i monumenti funebri dell’Arcivescovo Luigi Natoli, (†1875) e del Cardinale Francesco Paola Villadicani (†1861), entrambi opera di G. Prinzi. Raffigurano i prelati inginocchiati in preghiera.

Sotto l’arco che da accesso al transetto, sulle pareti, sono state recentemente ricollocate due lapidi in marmo di Paros, che riferiscono la concessione e la riconferma del privilegio del porto franco, concesso dall’imperatore Enrico VI di Svevia nel 1197 e confermato dalla regina Costanza d’Altavilla nel 1198.