Il transetto della Cattedrale di Messina è leggermente espanso, in modo da formare la croce latina.

Le absidi sono decorate con mosaici. L’abside sinistra presenta un mosaico originale del XIV secolo, raffigurante al centro la Vergine Theotòkos; la Madonna regge Gesù Bambino, a sinistra S. Agata e l’Arcangelo Michele, a destra S. Lucia e l’Arcangelo Gabriele. In ginocchio, sotto le mani degli arcangeli, la regina Eleonora e la regina Elisabetta d’Aragona.

Nel sottarco sono raffigurate otto sante vergini. È l’unico mosaico quasi interamente sopravvissuto alle varie distruzioni. L’abside presenta una ricca decorazione a stucco, realizzata nel XVI secolo su disegno di Jacopo del Duca. Sopra la fascia basamentale angeli a tutto tondo reggono canestri di frutta; al livello superiore tondi marmorei racchiudono busti a rilievo dei Profeti e degli Evangelisti. Dietro l’altare settecentesco, si trova la Cappella delle reliquie.

A destra dell’abside si trova il monumento funebre dell’Arcivescovo Angelo Paino. Opera di M. Lucerna e di A. Indelicato, 1968. L’opera raffigura il prelato in posizione eretta s poggiante su travi di cemento armato, simbolo della ricostruzione della città.

A sinistra dell’abside, si trova la Cappella della Pietà. Realizzata in origine nel XVI secolo, fu quasi interamente distrutta dopo la seconda guerra mondiale. Ricca la decorazione della cappella alla quale lavorarono A. Gagini e G. B. Mazzolo.

In basso, ancora originale, il monumento dell’Arcivescovo Antonio La Lignamine e le formelle raffiguranti i misteri della Passione.

Giovan Battista Mazzolo realizzò nel 1513 anche il monumento funebre dell’Arcivescovo Pietro Bellorado, eseguito su commissione del nipote Giovanni Ruiz. Sul basamento decorato da nicchie entro cui sono raffigurate le tre Virtù Teologali, si innalzava un tempo il sarcofago, ricca-mente ornato su cui giaceva l’Arcivescovo, vestito dei paramenti sacerdotali. Di esso, distrutto nell’incendio del 1943, si conserva solo un frammento della testa, recentemente ricollocato.

L’abside maggiore presenta al centro un baldacchino in rame dorato; iniziato nel 1628 su progetto di Simone Gullì, fu distrutto nell’incendio della seconda guerra mondiale.

Il dipinto su tavola raffigura la Madonna della Lettera, opera di Adolfo Romano, ricoperto da una preziosa manta in argento,realizzata nel 1949 da Giuseppe Catanzaro.

Il mosaico, realizzato in origine, nel XIV secolo, raffigura al centro il Cristo benedicente alla maniera greca, tra gli arcangeli Michele e Gabriele, la Madonna e S. Giovanni Battista. In basso, ai piedi del Cristo, a sinistra, il re Federico d’Aragona e l’Arcivescovo Guidotto de Habiate, a destra il re Pietro d’Aragona.

L’altare coram populo è decorato da un paliotto d’altare in argento raffigurante la Madonna nell’atto di consegnare la Lettera agli ambasciatori messinesi; ai lati la Fede e la Fortezza. (Dat. 1769).

Sotto l’arco di trionfo si trova a sinistra la Cattedra del Vescovo e a destra il monumento funebre dell’Arcivescovo Letterio D’Arrigo Ramondini, opera di Zucchi nel 1929, ricostruito dopo la seconda guerra mondiale. Il presule è ritratto nell’atto di consolare i terremotati del 1908.

L’Abside destra è decorata con putti bronzei, opera di Innocenzo Mangani, sec. XVII. Il mosaico raffigura San Giovanni Evangelista tra i Santi Nicola e Mena, in basso a sinistra il re Ludovico d’Aragona e a destra Giovanni duca di Randazzo. Il mosaico, danneggiato nel terremoto del 1908 conserva solo le parti laterali originali del XIV secolo.

A sinistra dell’abside si trova il monumento funebre dell’Arcivescovo Guidotto de Habbiate, opera insigne dello scultore senese Goro di Gregorio, fu realizzato nel 1333. Nel basamento quattro formelle raffigurano a bassorilievo, da sinistra la Crocifissionxe, l’Annunciazione, la Natività e la Flagellazione.

Di fronte al monumento dell’Arcivescovo Guidotto de Habbiate, si trova la consolle dell’organo. L’organo della Cattedrale di Messina è il più grande d’Italia: 5 tastiere, 170 registri, 16.000 canne distribuite nei due lati del transetto, dietro l’altare, sulla porta maggiore e sull’arco trionfale. Opera della ditta Tamburini di Crema, fu inaugurato nel 1948.

Dietro la consolle si può ammirare la lastra tombale dell’Arcivescovo Richard Palmer. In origine collocata nell’antica Cattedrale di San Nicolò, fu danneggiata dall’incendio del 1943. Presenta tre medaglioni circolari, scavati nella pietra, raffiguranti, da sinistra, la Vergine, il Cristo in trono e il defunto presule. Lungo i bordi della lastra, un’iscrizione riferisce la vita di Richard Palmer e la data 1195.